தமிழகத்திற்கும் கர்நாடகத்திற்கும் இடையே மேகதாது அணை பிரச்சனை நிலவிக் கொண்டு வருகிறது. இந்த நிலையில் தமிழ்நாட்டுக்கும் கேரளாவுக்கும் இடையிலும் அணை பற்றிய பிரச்சினையே நிலைக்கு கொண்டு வருவது குறிப்பிடத்தக்கது.
அதன்படி கேரளாவுக்கும் தமிழ்நாட்டுக்கும் பொதுவாக உள்ள முல்லைப் பெரியாறு அணை பற்றி உச்சநீதிமன்றத்தில் கேரளமும் தமிழ்நாடும் மாறி மாறி குற்றச்சாட்டை முன்வைத்து வருகின்றன. அந்த வரிசையில் முல்லைப் பெரியாறில் பணி செய்ய கேரள அரசு முட்டுக்கட்டை போடுவதாக தமிழ்நாடு அரசு கூறியுள்ளது.
முல்லைப் பெரியாறு அணையில் இருக்கக் கூடிய சிறு பணிகளை செய்யக்கூட கேரள அரசு முட்டுக்கட்டையாக உள்ளது என்று தமிழ்நாடு அரசு கூறியுள்ளது. சிறு பணிகளை மேற்கொள்ள உபகரணங்களை எடுத்துச் செல்ல கேரளா முட்டுக்கட்டை என சுப்ரீம் கோர்ட்டில் தமிழ்நாடு குற்றசாட்டை வைத்தது.
முல்லைப் பெரியாறு அணையில் தமிழ்நாடு அரசுக்கு இருக்கக்கூடிய உரிமையை சுப்ரீம் கோர்ட் உறுதிபடுத்தியுள்ளது. உரிமையை உறுதிப்படுத்த போதும் அதனை ஏற்காத வகையில் கேரள அரசு முட்டுக்கட்டையாக செயல்பட்டு வருகிறது என்று தமிழ்நாடு அரசு கூறியுள்ளது. அணையின் உறுதித் தன்மை குறித்து சந்தேகம் எழுப்பி தொடர்ந்த மனு மீது தமிழ்நாடு அரசு பதில் மனு தாக்கல் செய்தது.